La chiesa di San Francesco nacque sull’antica chiesa benedettina di San Fortunato, consegnata con il Convento allo stesso Santo che, ritornando dall'Oriente, era sbarcato in Maremma. Fu restaurata nel 1231 e abbellita nel 1289 da Nello Pannocchieschi.
La chiesa è molto semplice in stile francescano goticizzante, solo ornata da una cornice che corre intorno al tetto, finestre con arco a sesto acuto e una tettoia collocata sopra la porta principale, terminante con una lunetta raffigurante una Madonna con Bambino e santi.
All’interno si trova il bellissimo Crocifisso dell'altare del XIII secolo, attribuito a Duccio di Boninsegna. La cappella di destra è dedicata a a Sant’ Antonio da Padova, mentre il chiostro attiguo ha al centro un pozzo detto della Bufala, fatto costruire per ordine di Ferdinando dei Medici nel 1590.