Inaugurato nel 1858 nel Palazzo Comunale, il Museo Civico si trova dal 1912 nel Palazzo Pretorio. Custodisce al suo interno dipinti rinascimentali, opere del XVII e XVIII secolo di diverse scuole, opere plastiche dei della Robbia, opere dello scultore pratese Lorenzo Bartolini, ceramiche settecentesche, armi risorgimentali, costumi dei Gonfalonieri.
Chiuso per restauro, dal Museo Civico dipendono però anche la Quadreria di Palazzo Comunale e gli allestimenti del Castello dell'Imperatore.