Il territorio di Pelago si estende tra l'Appennino, il Pratomagno e la Valdisieve, in zona collinare e montana.
Abitato nel periodo etrusco-romano, Pelago si sviluppò nel Medioevo attorno ad un castello, che alcuni storici assegnano ai Conti Guidi, altri ai Cattani da Diacceto, originariamente vassalla dei Guidi. Nei secoli successivi il borgo fu al centro di una dura lotta per via della sua posizione strategica tra signorie locali e Firenze, che alla fine ebbe la meglio.
Pelago conserva ancora parte delle mura castellane, attorno alla chiesa di San Clemente, dove è allestito un Museo d'Arte Sacra. La chiesa, del XII secolo, si trovava all'interno del castello e non conserva nulla dell'antica struttura romanica. L'aspetto attuale è il risultato di un restauro del 1823. Palazzo Stupan, antica proprietà dei Cattani di Diacceto, è uno degli edifici più importanti con portali a bugne e inferriate con decori in ferro battuto.
La frazione più popolosa di Pelago è San Francesco, sull'altra sponda del fiume Sieve, con l'omonima chiesa del XVI secolo, ad una navata. La centralità del territorio di Pelago è testimoniata da numerose fortezze, anche trasformate in residenze signorili: Diacceto con il castello, la villa di Nipozzano, Altomena, con il castello dei Conti Guidi trasformato in una villa-fattoria, Ferrano e la villa in forma di castello neo-gotico, Ristonchi, con un possente torrione feudale.