Boccheggiano sorge in Val di Merse, tra le sorgenti del Farma e il Fiume Merse. Nel Medioevo fu sede di un castello, posto nel punto più alto del paese. Fu possedimento di importanti famiglie locali e del vescovo di Volterra. Più tardi fu ceduto ai Salimbeni i quali, nel 1350 lo consegnarono alla Repubblica Senese.
Il centro urbano vanta una struttura circolare, legata all’andamento delle mura medievali. Le distruzioni provocate dai senesi portarono alla scomparsa del cassero e rimangono oggi solo alcuni tratti della cinta muraria, con una porta ad arco tondo in conci di pietra.
Interessanti sono la chiesa di San Bartolomeo, dedicata al protettore del borgo ed eretta sui ruderi del castello e la trecentesca chiesa di San Sebastiano, rinnovata verso la metà del XVII secolo e sede della statua di marmo di San Sebastiano di Bartolomeo Cennini, di una scultura in marmo rappresentante la Lupa Romana e dello stemma dei Salimbeni in facciata.
Come particolarità, Boccheggiano si governò con statuti pripri fino al 1777, quando Pietro Leopoldo tolse questo privilegio, assoggendo il borgo in tutto e per tutto al Granducato di Toscana.