Badia di Cantignano si trova nella parte meridionale del territorio comunale. Di origine romana, appare menzionato per la prima volta in un atto di donazione del 783. Conserva l’antica chiesa di San Bartolomeo, in origine dedicata a San Salvatore, dove forse si trovava un complesso termale romano. L’edificio originale risaliva ai secoli VII-VIII, ma venne trasformata in chiesa romanica a croce latina nel XIII secolo dai Camaldolesi e quindi nel XVIII secolo, l’interno venne rimaneggiato in stile barocco e la facciata demolita e ricostruita con un portico addossato. Della chiesa camaldolese è ancora visibili esternamente l’abside con lesene pensili. All’interno si trova un bel trittico cinquecentesco di Agostino Marti raffigurante la Madonna tra i Santi Bartolomeo e Martino e nella zona presbiteriale resti di un affresco dell'XI-XII secolo.
Adiacente alla chiesa sorgeva inizialmente il convento benedettino, poi camaldolese, soppresso nel XVI secolo. Attualmente l’edificio è conosciuto come Palazzo delle Cento Finestre.